เรื่องราวของ Koko เด็กที่เลี้ยงโดยโปเกมอน และการสร้างความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลและโปเกมอน “โปเกมอน เดอะ มูฟวี่ ความลับของป่าลึก” ในป่าโอโกยะ โปเกมอนในตำนาน ซารูดพบเด็กทารกในความช่วยเหลือปรากฏขึ้นที่ริมฝั่งแม่น้ำ
ซึ่งเป็นพันธมิตรที่ชาญฉลาดซึ่งมุ่งเน้นไปที่ป่า รวบรวม Rocket แอบติดตามพวกเขา สืบสวนข้อมูลเกี่ยวกับ Biotope Company และ Dr. Zed เจ้านายของบริษัท และตัดสินใจแทรกซึมเข้าไปในงานสังคม ต่อจากนั้น Ash ก็เห็น Koko เดินข้ามเส้นทาง
หลังจากที่เขาเคลื่อนตัวหลุดจากแนวขณะแกว่งไปมาบนต้นไม้ที่มี Skwovet ในป่า และพักฟื้นจากน้ำ นำเขาไปที่Pokémon Center ของ Milyfa Town เพื่อเข้ารับการบำบัด เมื่อ Koko ผสมกัน เขากลัวและย้ายจากการออกแบบโดยไม่เคยเห็นบุคคลมากมาย
เมื่อเห็นว่าโคโกะเชื่อมั่นในตัวเองว่าเป็นโปเกมอน แอชและปิกาจูก็เติมพลังให้กับเขาในเมือง ช่วยเขาในการค้นหาบุคคลที่เกี่ยวข้องในช่วงเวลาที่จำเป็น หลังจากนั้นแอช ปิกาจูและโคโกะก็ประสบกับซารูเดะ ซึ่งถูกจำกัดให้ยอมรับความจริงเกี่ยวกับของโคโค
มรดก. Zarude นำพวกเขาไปยังสำนักงานสำรวจที่ถูกละเลยซึ่งเขาเห็นว่าไม่นานหลังจากที่ยอมรับ Koko ซึ่งเขาแสดงรูปถ่ายที่เขาพบเด็ก Koko กับยามเฝ้าประตูที่เป็นมนุษย์ จากนั้นซารูดก็จากไปและกลับไปที่ต้นไม้ใหญ่เพียงลำพัง
เมื่อค้นพบความเชื่อมโยงกับบริษัท Biotope แอชจึงส่งโคโคไปที่สำนักงานใหญ่ ซึ่งพวกเขาได้พบกับดร.เซด Zed เปิดเผยว่าคนของ Koko คือ Chrom และ Rin Molybden ผู้เชี่ยวชาญบางคนที่ขับเคลื่อนความสัมพันธ์ในการตรวจสอบสปริงที่ปะติดปะต่อกัน
ไม่พอใจกับข้อมูลเกี่ยวกับการตัดสินใจล่วงหน้าของผู้คน โคโค่ก็แหวกไปที่ต้นไม้ใหญ่เช่นกัน
